课程结构的综合性是针对过分强调学科本位、科目过多和缺乏整合的现状而提出的。它体现在以下三个方面。 如上所说，这是一门高度综合的课程，是本次课程改革的一个亮点。为此，我们特别提出来加以强调。从本质上讲，这是一门非学科领域，是基于生活实践领域的课程，它是基于学习者的直接经验，密切联系学生自身生活和社会生活，体现对知识的综合运用的实践性课程。综合实践活动课程的起点是学生而不是教师，学生从自身经验中形成问题，从经验中去获得解决问题的途径与方法。其内容主要包括：信息技术教育、研究性学习、社区服务与社会实践以及劳动与技术教育等。
课程结构的选择性是针对地方、学校与学生的差异而提出的，它要求学校课程要以充分的灵活性适应于地方社会发展的现实需要，以显著的特色性适应于学校的办学宗旨和方向，以选择性适应于学生的个性发展。由此可见，课程结构的选择性主要涉及各级地方教育主管部门、学校（校长与教师）、学生如何选择课程，以及我们的教育能给地方、学校与学生提供多少课程以供选择。选择性的集中体现是新课程适当减少了国家课程在学校课程体系中所占的比重。在义务教育阶段，将10%～12%的课时量给予了地方课程和校本课程的开发与实施，从而形成了国家课程、地方课程和学校课程三级课程并行的层次结构。这无疑能够激发地方和学校在课程开发与实施上的主动性，也有助于真正实现学校课程的多样化，从而体现地方特色、学校特色。选择性还体现在国家课程的变通性上。就课程类型而言，国家提供套餐式方案，供地方和学校根据自身的需要做出选择；就课时比例而言，国家划定范围，供地方和学校选定；就课程内容而言，国家制定课程标准，在保证义务教育基本要求的前提下，反映地方经济、社会文化特点。教育面对的是一个个具有独特个性的学生，教育应促进每一位学生的个性发展，为此，课程结构的选择性最终必须落实到每个学生的个性差异上，这就要求地方和学校必须加强选修课程的建设。新的课程计划倡导适当减少必修课程的比重，增加选修课程的比重。
《纲要》第三条明确规定：“整体设置九年一贯的义务教育课程。”设置义务教育课程应体现义务教育的基本性质，遵循学生身心发展规律，适应社会进步、经济发展和科学技术发展的要求，为学生的全面发展和终身发展奠定基础。基于此，本次课程改革将义务教育作为一个整体，九年一贯地进行课程设置。实际上，这也正是新课程结构的均衡性、综合性和选择性的体现。“整体”指将各类课程按横向关系组织起来，通过课程的横向组织，使各门课程在差异得以尊重的前提下互相整合起来，消除以往学科本位所造成的学科之间彼此孤立甚至壁垒森严的对立局面，使各门课程、各个学科产生合力，使学习者的学习产生整体效应，从而促进学生人格整体发展。“一贯”指将各类课程按纵向的发展序列组织起来。就一门课程而言，要强调“连续性”，使课程内容在循环中加深、拓展，并不断得到强化、巩固；就各门课程关系而言，要强调“顺序性”，使不同课程有序地开设，前后相互连贯，同时使课程门类由低年级到高年级逐渐增加。从而使学习者的学习产生累积效应，促进学生可持续发展。
分科课程是一种单学科的课程组织模式，它强调不同学科门类之间的相对独立性，强调一门学科的逻辑体系的完整性。从课程开发来说，分科课程坚持以学科知识及其发展为基点，强调本学科知识的优先性；从课程组织来说，分科课程坚持以学科知识的逻辑体系为线索，强调本学科自成一体。因此，分科课程具有以下优点：第一，有助于突出教学的逻辑性和连续性，它是学生简捷有效地获取学科系统知识的重要途径；第二，有助于体现教学的专业性、学术性和结构性，从而有效地促进学科尖端人才的培养和国家科技的发展；第三，有助于组织教学与评价，便于提高教学效率。但是，分科课程容易导致轻视学生的需要、经验和生活，容易导致忽略当代社会生活的现实需要，容易导致将学科与学科彼此之间割裂，从而限制了学生的视野，束缚了学生思维的广度。应该承认现行的分科课程这些缺点是比较突出的。
为此，本次课程改革在改变课程结构过于强调学科本位、科目过多和缺乏整合的前提下，根据新课程的理念，对分科课程本身进行了改革，使分科课程得以改善。